Les modifications aux progiciels sont coûteuses à développer et à entretenir. Elles représentent des facteurs de risque majeurs pour un projet d'implantation. On suggère d'adopter des processus d'affaires pris en charge par les progiciels plutôt que d'apporter des modifications. Avant de modifier un progiciel, il est essentiel de bien comprendre tous les coûts liés à la conception, à l'entretien, au soutien et à la migration. En dernier recours, il est possible de développer une extension sans compromettre l'intégrité du progiciel.
La sélection d'un progiciel intégré (ERP) représente une décision stratégique, financière et technologique importante. Il existe 3 principaux facteurs à considérer : la stratégie de l'organisation, l'impact financier (coûts tangibles, bénéfices tangibles et intangibles) et la technologie du progiciel. L'acquisition d'un ERP doit être considérée comme un investissement et non comme une dépense. Il faut effectuer une analyse coût-bénéfice sur une période d'environ 5 ans.